啟動神聖導航、登入遊戲、載入助手之後，在遊戲視窗中按鍵盤上面的“Home”鍵，會彈出一個航海助手使用視窗。在第一個項目“航行設定”右邊，有4個版面：使用技能、狀態處理、副官養成、跟隨設定，選擇“狀態處理”。（如下圖）
勾選“全選”，則會在航海途中自動解決相應的各種狀態（當然前提是船長必須學會對應的技能，如疾病學或者持有對應的道具）
勾選“暴風停船”則會在航行中遇到暴風雨自動拋錨停船，等待暴風雨過後自動揚帆起航。
勾選“使用停戰”則會在遇到襲擊進入戰鬥後自動使用停戰協議書或者上納品（同時包括對NPC和對人），當然前提是持有對應的停戰道具物品。
勾選“解除全隊狀態”則會幫忙組隊的成員解決各種狀態。
注意：有些道具帶有使用功能，如道具“貓型擺件”在使用後，能驅逐老鼠，“靈鳥像”能滅火等等，因此類道具過多，而且使用後會消耗該道具的耐久度，故凡此類道具，須用戶在航海途中手動使用。目前神聖導航在部分海域會出現暴風航行失效的BUG，明明是在暴風雨裏，不管設沒設置暴風航行就是不會在暴風雨中繼續自動航行。這個BUG至今作者還沒有找到完美的解決辦法。所以部分海域還是會出現暴風航行失效的問題。
