啟動神聖導航、登入遊戲、載入助手後，在遊戲視窗中按鍵盤上面的“Home”鍵，會彈出一個航海助手使用視窗。在第一個項目“航行設定”右邊，有4個版面：使用技能、狀態處理、副官養成、跟隨設定，选择“使用技能”。(如下圖) 
使用技能功能分為兩大部分：航行技能和戰鬥技能。航行技能是指在海上航行時釋放的技能，戰鬥技能則是指在遭遇海上戰鬥時釋放的技能。技能列表是由航海助手在載入時自動初始化生成（如何載入助手請點此處）。勾選想要在航行或戰鬥時自動施放的技能，並勾選上面的開啟命令，則遊戲中的人物在海上行駛或戰鬥時，會自動施放勾選的技能。
注意：有些技能既可以在航行時使用，也可以在戰鬥中使用，例如“測量”等技能，由於同時只能使用三個主動技能，若勾選技能數量過多，會造成部分技能無法使用甚至導致無法使用道具物品所以請用戶合理勾選搭配使用。
關於“急加速”技能：神聖導航在導航中會自動判斷航線是否存在轉彎，如果船隻在航行中需要轉彎，導航會自動暫時取消“急加速”技能，等待轉完彎後再使用該技能，所以勾選該技能的用戶不必擔心。